纳豆是日本发明的，但纳豆却是始于中国的豆豉。豆豉在中国秦汉以来就有了，后来在奈良、平安时代由禅僧传入日本，他们把豆豉放入瓮或桶中贮藏，先开始称其为“唐纳豆”或“咸纳豆”，后来寺庙僧人根据日本当地的饮食习惯和风味进行发酵制作，制成了“寺纳豆”，然后在寺庙之间得以发展起来，再到后来成为全日本的日常饮食之一。日本纳豆是由黄豆通过纳豆菌发酵制成豆制品，有黏性，气味比较臭，味道尝起来微甜，是日本的长寿国宝食品。
在日本的古书《和汉三才图会》中有相关记载:“纳豆自秦汉以来开始制作。”始于中国的豆豉，日本也曾称纳豆称为“豉”。纳豆的字面含义就是“纳所之豆”，在日本纳所多指寺庙，所以纳豆一开始是出现在寺庙里的，后来才流传开来成为日本的普遍食物。
其实纳豆分为两种，一种是盐辛纳豆，一种是拉丝纳豆，鉴真和尚带来的是豆豉，经过发展，变成了盐辛纳豆，也被人们称为“唐纳豆”，而我们今天所说的发酵而成的纳豆属于第二种，也就是拉丝纳豆。拉丝纳豆最早出现在15世纪时的文学作品中，起源并不确切。
吃纳豆，搅拌是必需的第一道工序，然后在调味的时候，可以随自己的口味添加不同调料。酱油最常见，除此之外还有芥末、甜醋等等，还有加白糖的吃法，多种多样。其他还有纳豆炒饭、纳豆意面、纳豆荞麦面、纳豆蛋包饭等吃法，丰富多彩。
纳豆作为日本皇室的御用食品，也是日本国民膳食结构的主要成分，长期食用纳豆被认为是日本人长寿的“秘方”之一。在日本民间有这样的谚语:“纳豆顿顿有，活到九十九。”每年7月10日，日本人将这一天定为“纳豆节”。
虽然日本也有很多人不喜欢吃纳豆，然而1996年出现了一个契机，让日本人见识了纳豆的实力。1996年，日本曾连续发生“O-157”大肠杆菌病毒，致人死亡的流行病事件，由于纳豆具有特殊的灭菌、杀毒、提高机体免疫力作用，常食纳豆的人却没有患病，成功遏制了o-157的建虐，从而使纳豆彻底风靡日本。
据2001年日本纳豆行业协会统计，日本约有90%的居民食纳豆。日本作为世界第一长寿国，和全民食用纳豆是有直接关系的。日本人吃纳豆时爱说一句话:“我也能活到一百岁”。这样的精神鼓励使日本人对纳豆的喜爱发自内心，吃纳豆前将纳豆搅出粘丝的过程也变成吃纳豆的一种乐趣。