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红菌豆腐渣系福建省武平特产，上杭及广东平远一带也有。它是用豆浆滤出的一般人仅作为喂猪饮料的渣滓，经过加工制作而成的一种具有鲜明个性的菜肴。它的历史有多久，无从考证，仅知在味精问世之前，它是经常当作味精来使用的，像甘草和诸药一样，它能和诸菜。
无论煮肉、煮豆腐及一秀菜蔬，放一点红菌豆腐渣，即鲜美异常，且价格又极低廉，因此备受人们的喜爱。据说，许多过南洋的仁居人在回家乡探亲之前，常预先写信，嘱亲属买好红菌豆腐渣，烤熟晒干，用瓶装好，以便带往南洋，赠送亲友做菜品尝。
据说，古时候，有一户普通百姓人家，一回家里磨完豆腐，把喂猪剩下的豆腐渣放置在一个空房间里，第二天发现这盆豆腐渣不但没变质发臭，反而表面长出了一层红色的菌毛，摸上去豆腐渣团变得又结实又有弹性，还有一股清香味。试煮来吃，居然非常美味。于是，以后这家人检磨豆腐时，也同样把豆腐渣盛放起来，希望它继续长出红色菌毛变成美味。但豆腐渣始终是长出了黑霉变质坏了。后来，才发现那个闲间的屋顶上，吊着晾晒的一堆玉米棒子，有些玉米坏了，长出了红色的菌霉，它掉在豆腐渣上，加上合适的温度和湿度，豆腐渣才发酵变成了美味。原来玉米棒子上长出的红色菌毛，就是发酵的菌母。经过后来的不停试验，最后才形成了现在制作红菌的整套统一的流程，世界上这才多出这么一个稀奇的食物来。
红菌的制作很简单：先准备好几个米筛或者糖筛，筛内平铺上一层芭蕉叶，或者荷叶、蕉芋叶等。把磨制豆腐剩下的新鲜豆腐渣。倒入一口大铁锅中慢火培烤，注意翻铲免得烧焦烧糊，等豆腐渣炒干到可以用手捏成团，手上还留有湿印，却挤不出水，渣团抛之即散碎的程度，即可铲起来，放入米筛或糠筛里，用手压紧、压平、压匀，厚度与一块水豆腐差不多厚。筛里铺一层芭蕉叶，为的是红菌制作好后取出时方便，不会粘在筛内。
等筛内的豆腐渣冷却后，在它表面均匀地撒上菌种，菌种的根须很快伸入豆腐渣中。这个发酵长菌过程，只需一个晚上，渣便会变得既结实又柔韧，同时渣面长出一层红毛，这就是“红菌”了。第二天就可食用，吃多少切多少，和切一板板的水豆腐一样。因为它长出的是红色的浓密菌毛，所以这也是“红菌”这种食物的名字的由来，也有人叫它红菌子、红菌豆腐、红菌豆腐渣。
而制作红菌的菌种，市面上是绝无出售的，这就靠人们平常时的收集积累了。我们吃过的玉米棒子，吃完了面上的玉米粒，把剩下的玉米芯扔在屋子的某个角落里，久之，玉米芯发霉了，表面会长出一点点、一块块的红色的菌毛，把这些红色菌毛用刀片刮下来，包到纸中收藏起来，这就是用豆腐渣制作红菌的菌种来源。据说，也就仅此一个培植菌种的方法。
红菌的菌种发酵期非常快，从发酵到变质，通常只需一天。头天晚上在豆腐渣上植下的菌种，经过一个晚上就使豆腐渣发酵完毕，第二天便制成了可供食用的红菌了。但当天若没有吃完，则菌种会发酵过度，到了下午或者晚上，红毛逐渐会转变成黑毛，这就说明制作的红菌快要变质了。